“科学发展”和“制度建设”从字面看，虽然是两个不同的内容和不同的活动载体，但是，内在相同之处和联系是十分密切。我们认为：一是出发点上相同。科学发展，其目的是不断解放思想、更新观念，以更新、更科学的工作思路和发展理念，引领事业又好又快的发展。制度建设是动态的、开放的、发展的，不可能一劳永逸，要在全面清理、科学论证的基础上，做好对现有制度的分类处理工作，从而以制度将形成的一整套科学工作方法固定下来，建立健全长效机制，保证事业更科学、更加合理、更加快速发展。二是落脚点上相同。
科学发展是党中央面向新的世界，站在世代高度，作出的英明决策，其目的是与时俱进，又好又快地加速我国社会主义现代经济建设发展步伐。反腐倡廉制度建设是党中央针对我党和我国社会发展中出现的新问题，从党的生存和发展大局作出的决定，其目的是纯洁党，保持党的旺盛生机，以更好地带领全国人民在社会主义现代化事业进程中步伐更加坚定。三是目标上相同。“科学发展”的第一要义是发展，核心是以人为本，基本要求是全面协调可持续，要本方法是统筹兼顾。这是科学发展观的内涵所决定，而“制度建设”是对行业内部各项规定的设计、制定、颁布、实施、梳理、修改直至废止的全过程。制度本身应具备全局性、稳定性、长期性的特点，是各项事业运行的必要保障。通俗地说，制度就是各个行业和单位内部法律，事业的快速发展靠的就是一整套完善的管理制度和加之有效的执行。常言道“没有规矩，不成方圆”。
由此可见，“科学发展”和“制度建设”有着内在紧密联系。科学发展是制度建设的灵魂，制度建设是科学发展的根本和基础；科学发展决定着制度的建设，制度建设是科学发展的具体体现，什么样的科学发展，决定着什么样的制度建设，制度建设是为了更好地科学发展，它们是相辅相成，内在统一，目标一致
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